Nagato era el líder de Akatsuki, quien se hacía pasar física y de nombre por Pain (con el cuerpo de Yahiko). También era heredero de la técnica linaje de sangre legendaria: el Rinnegan, quien le fue dado a través de Madara Uchiha antes de que este muera cuando Nagato era solo un niño. Cuando este era solo un niño, vivía con sus padres en una pequeña casa en Amegakure (País de la lluvía). Un día, unos ladrones invadieron su hogar en busca de comida pensando que nadie habitaba allí. Sus padres, asustados pensando que los matarían, atacan a estos ladrones y son eliminados. Esto despierta la furia de Nagato y despierta su Rinnegan, matando a sus enemigos. Tiempo después, se dedico a vagar por la Aldea pidiendo comida y termina adoptando a un perro llamado Chibi y posteriormente se une a Konan y Yahiko. Su perro Chibi muere a causa de una explosión de unos enemigos que los atacaron y el odio de Nagato seguía aumentando...
Jiraiya fue quien lo entreno junto a sus otros dos amigos para que pudieran defenderse durante tres años. Cuando este los deja, los tres tuvieron un encuentro con Madara Uchiha (Obito) quien les dice que Nagato es la reencarnación del "Sabio de los Seis Caminos".
Cuando su amigo Yahiko muere en la reunión que Hanzo (el lider de su aldea) realizo para traicionarlos y hacerlos desaparecer, Nagato siente mucho dolor y en ese momento decide tachar su protector de frente en manera de símbolo de dolor que ha sufrido en la Aldea. El logra recuperar a Konan y el cadaver de Yahiko. Es en este momento donde decide seguir con adelante en Akatsuki y reúne todas las fuerzas necesarias para matar a Hanzo y a todo lo que este relacionado con el.
Esta es la historia de quien en Shippuden esta detrás de Akatsuki. Cuando Naruto logra vencer a los cuerpos "Pain" que Nagato controlaba en su base, Naruto va a hablar con Nagato en una de las conversaciones más bonitas y tristes de la historia. Luego, Nagato revive a todas las personas que asesino en Konoha redimiéndose de sus acciones (lo que llevaría a su muerte y  a reconocer a Naruto como el próximo salvador del mundo)