Madara es el gran enemigo de toda la serie, aunque recién sabemos exactamente quien y como es en realidad en Shippuden durante la Cuarta Guerra Ninja. Madara había sido el co-fundador de Konoha junto a su hermano Senjuu. Siempre pensó que el sería capaz de ser Hokage, pero todos eligieron a Senjuu y de esta manera despertó mucho odio hacia Konoha y al clan Senjuu (aunque prácticamente eran hermanos). El fue, al igual que Minato, el ninja más poderoso que ha existido jamas (o al menos eso quedo demostrado cada vez que entra en acción). Siempre se lo ve confiado y orgulloso, menospreciando a los demás. De todas maneras, existen ocasiones en las que muestra un lado más emocional: reconoce la fuerza de sus rivales y los elogia como a Gaara o a Naruto. Si bien se especializa en técnicas del elemento Katon, también se muestra capaz de usar el elemento Mokuton (que combina Agua y Tierra) de modo que puede usar distintos elementos. Tiene un uso del Sharingan extraordinario, con el que es capaz de usar a la perfección su Susanoo (Técnica que se consigue cuando se perfecciona el Mangekyou Sharingan) de modo que lo protegía y usaba para atacar al mismo tiempo.
En su niñes Madara siempre se mostró bueno y amigable, incluso discutía  de manera cómica con su hermano Senjuu y llegó a decir que quería conseguir la paz en el mundo. Su odio fue aumentando hasta tal punto de traicionar a todos y querer destruir Konoha incontables veces. El siempre creyó que los Bijuus no tenían inteligencia propia y que solo eran masas de chakra, por lo que siempre debían estar controladas por los Uchiha. De hecho, Madara controla al Kyuubi en una ocasión con tal de vencer a Hashirama en el pasado (cosa que no logra y fracasa).
En la Cuarta Gran Guerra Ninja es revivido por Kabuto y su primer combate sera contra los 5 Kages: Tsunade, Ay,Onoki,Gaara y Mei. En este combate Madara muestra sus mejores técnicas e incluso utiliza una especie de meteorito de Tierra para aplastarlos a todos, cosa que Onoki logró detener a tiempo. Cuando estos aparentemente lo derrotan, Kabuto llega para salvarlo y decir que ni siquiera mostró nada de su verdadera fuerza. En ese instante, Madara se retira momentáneamente con Kabuto para planear el próximo ataque.