Él y Hidan han entrado como miembros nuevos de Akatsuki después de que Sasori desapareciera. 
Kakuzu es un tipo serio, encargado de las finanzas de la organización y preocupado porque todo se haga con eficacia. Lo que más le importa es el dinero. Por eso le pone de los nervios la impetuosidad de su compañero Hidan y su fervor religioso. Sin embargo, es el único compañero que puede tener, ya que Kakuzu tiene un enorme instinto asesino y laúnica persona inmortal para soportarlo es Hidan. Entre las habilidades de Kakuzu destacan la posibilidad de coser partes arrancadas del cuerpo de otras personas y volver a hacerlas útiles. Además, puede usar los hilos que cosen todo su cuerpo para estirar sus miembros o intentar estrangular al rival. Su habilidad oculta consiste en endurecer su cuerpo como el acero, lo que lo hace casi invulnerable a los ataques físicos. Tras eliminar a la jinchuuriki del Dos Colas, su siguiente misión es acabar con el monje Chiriku para cobar la recompensa. Cuando están cobrando en la "central de caza", Asuma, SHikamaru, Kotetsu e Izumo dan con ellos. Aunque consiguen cortar la cabeza de Hidan, Kakuzu se la vuelve a coser al cuerpo. En mitad de la pelea, Hidan mata a Asuma, pero no pueden acabar con los demás, porque Pain les ordena regresar. Seis días después, tras sellar dos Bijuus más, se dirigen a la Hoja y son emboscados por Kakashi, Ino y Chouji y Shikamaru. Kakashi consigue atravesar su cuerpo con el Chidori. Entonces él muestra que posee dentro de su cuerpo el corazón de otras personas. Puede meter el corazón de la gente que mata en su cuerpo. Hasta ahora tiene cinco corazones, gracias a los cuales puede hacer técnicas de los cinco elementos básicos. Gracias a estos corazones, ha tenido una vida tremendamente larga y, de hecho, llegó a combatir contra el Primer Hokage en el pasado. Cuando va a robarle el corazón a Kakashi, siente el daño causado por Hidan, que ha caído en la trampa de Shikamaru y ha hecho "vudú" sobre su propio compañero. Gracias a esto,, han caído dos de sus corazones. Kakuzu deja salir todas sus costuras. En ese momento llegan Sakura, Sai, Naruto y Tenzou. Naruto intenta lanzarle su Rasen- Shuriken una ves, pero no lo consigue. En un segundo intento consigue encajarselo y la tremenda explosión acaba con los tres corazones restantes y la amenaza de Kakuzu